La Universidad de Jaén fue creada en 1993, aunque ya existía una larga tradición universitaria en la provincia, que se remonta al siglo XVI, momento en el que fue creada, mediante Bula Papal, la Universidad de Baeza.

La Universidad de Jaén se justifica históricamente en la existencia, en el siglo XVII, del Estudio General de Santa Catalina, que en 1629 llegó a ser Universidad Pontificia, por bula del Papa Urbano VIII. Estaba ubicada en el Convento de Santo Domingo.

Pero el antecedente claro de la Universidad de Jaén es la puesta en marcha del Colegio Universitario, dependiente de la Universidad de Granada, con primeros ciclos, estudios de Magisterio y sus emblemáticas escuelas industriales de Linares y de Jaén, incorporadas en la década de los setenta.